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树枝石：又称模树石、松石、松屏石、醒酒石、婆娑石等，是一种树枝状的薄膜，通常在岩层的裂隙面分布，由于其形似植物（树枝、苔藓、藻类）的印痕，故常被误认为是植物化石。但树枝石是氧化锰饱和溶液沿岩石裂隙渗透沉淀的结果，此过程没有生物作用参与，故不能称为化石
花石：常被误认为是“花”的“化石”，其实两者的区别是明显的。菊花石的“花”是由天青石或方解石矿物组成花瓣,花瓣中心由近似圆形的燧石构成花蕊，立体感较强，外形酷似菊花，但由于其形成过程于生物无关，故不是化石。真正植物的花很柔软，只有在特殊情况下才能保存为化石，其化石通常仅仅是岩层表面的印痕。与菊花石类似的假化石还有“牡丹石”（微斜长石重结晶呈花辫状）、“梅花玉”（硅化杏仁状安山岩）等。
鲕粒：鲕是指鱼卵，古生物地质学上的鲕粒主要是指由胶结的鱼子状颗粒组成的一种沉积岩。由于这种沉积岩结构酷似“鱼卵”堆积而成，往往会被误认为是“鱼卵化石”。虽然部分鲕粒的形成与生物骨骼碎片有关，但通常不认为鲕粒是化石（虽然其内部可能有化石碎片），更不可能是“鱼卵化石”。动物的卵由于其营养丰富易于腐烂，故很难在地层中保存，目前为止只有少量特异埋藏点（如陡山陀磷块岩）有动物卵化石报道（尚存争议），而且这种卵化石只能通过显微镜放大才能观察，普通肉眼无法鉴定。
结核或卵石结构：由于一些沉积或风化形成的结核、卵石等具有类似现代动植物的外形，特别是类似现代水果、蔬菜、禽蛋以及肉类等（所谓“奇石宴”是也），因此这些结核或卵石常常会被误认为相关生物的“化石”。但现代水果蔬菜多数是人类出现以后培育出来的优良品种，在地层中几乎不可能发现与现代水果蔬菜类似的化石，即便有少量果实化石，也多是压实变形的。而肉类通常不能保存化石，地层中仅发现少数磷酸盐化肌肉化石，但外观已不是通常的生物形态了。另外，也有人用矿物制作似现代生物结构的工艺品而被误认为是化石。对待此类假化石的鉴定方法就是：越像菜市场食品的，越不可能是化石！
按真化石结构制作的“化石”模型：有些化石由于特别珍贵或者不完整，博物馆等为了展览需要可能会按真化石的结构比例制作“化石”模型。制作化石模型主要采用的技术手段包括铸造、雕刻、绘画、染色等。常见的是恐龙等大型脊椎动物的“化石”模型，而100％真化石的完整恐龙骨架是不可能的。需要注意的是，这种“化石”模型不仅会在博物馆出现，民间也有许多人会制作“化石”模型作为工艺品出售（警惕有时会以假充真！）。但由于这类工艺品是“仿真”制作，因此通常不容易鉴定，有的甚至需要的知识或技术才能确定真伪。
人工制作“真假参半”的化石：通常是将不同个体甚至不同生物的化石通过巧妙的拼接成为一个“化石”，有时也会在破损的真化石上雕刻出已缺失甚至原本没有的结构，用以提高化石的“完整度”。这类化石或许是不容易鉴别的一类的，因为当年的“古盗鸟”事件甚至连美国的众多古生物都骗过了！
